La identidad de MARCO se basa en su dinamismo y en su espíritu participativo, tarjeta de presentación del museo para los ciudadanos y referente del mismo ante otros centros de arte contemporáneo de España y, en particular, del entorno geográfico gallego.
Las exposiciones temporales, dedicadas a la producción artística reciente en los más variados ámbitos creativos (artes plásticas, arquitectura, vídeo, arte en la red, diseño, cine, música, moda, etc.), son la actividad principal en torno a la que se articula el resto de la programación del centro. El museo tiene tres líneas de programación expositiva: una basada en muestras pluridisciplinares sobre arte y cultura actual, de ámbito nacional e internacional; otra que fomenta la investigación, las revisiones históricas y la recuperación de autores y/o movimientos artísticos gallegos cuya producción haya estado vinculada a lenguajes vanguardistas y, por último, la sala de exposiciones del Edifico Anexo, dedicada a producciones de artistas emergentes.
Por otro lado, en el Salón de Actos del MARCO, se programan regularmente seminarios y conferencias, así como ciclos audiovisuales de interés.
Con el fin de difundir las actividades que se realizan en el museo, se está desarrollando una línea editorial propia con catálogos, folletos divulgativos de las exposiciones y boletines didácticos.
MARCO nace con el objetivo fundacional de convertirse en una seña de identidad para los vigueses y en una plataforma para la proyección de la ciudad y de Galicia en el exterior.