En las Cíes se han encontrado útiles atribuibles al Mesolítico (hace unos 10.000 años) pero todavía no se han hallado restos de las etapas prehistóricas siguiente (Neolítico, Megalítico y Calcolítico).

El primer asentamiento del que tenemos claras evidencias es el poblado castreño de la Edad de Hierro situado en la ladera occidental del Monte Faro. Está datado entre los años 600 y 100 a.C. Los habitantes de este poblado se alimentaban de peces y del abundante marisco de la costa. También incluían en su dieta los cultivos, la caza y los huevos.

Los romanos también llegaron a las islas Cíes a las que llamaron "insulae deorum" o isla de los dioses. Se han encontrado cerámicas y hasta un anillo de oro que data del siglo II d.C.

En el siglo XI aparecen los primeros monasterios benedictinos que fueron atacados por los normandos y reocupados a finales del siglo XIII. En el siglo XIV el monasterio se realoja con la orden de los Franciscanos.

En los siglos XVI-XVIII la isla sufre continuos ataques de piratas como el famoso pirata Francis Drake y continuos atraques de navíos de guerra ingleses y franceses.

A partir de la primera mitad del siglo XIX se pacifica la situación y se instalan pesquerías y almacenes. Se pueden observar bastantes construcciones abandonadas en estado ruinoso de esta época en la isla. Sus habitantes vivían de la pesca, agricultura y ganadería caprina y ovina.

En 1840 se ordena su anexión al municipio de Vigo. Entre 1851 y 1853 se construye el primer faro, el de Monte Faro y más adelante el dique que une ambas islas.

Hasta mediados del siglo XX vivían bastantes familias que fueron abandonando las islas debido a los escasos medios que allí había. Hoy todavía quedan unos escasas casas construidas en los años 60-70.

En 1980 fueron declaradas Parque Natural y hoy en día pertenecen al Parque Nacional Marítimo-Terrestre de las Islas Atlánticas de Galicia junto con los archipiélagos de Ons, Sálvora y Cortegada.